北大清华地坛医院联合开发活络简略新式冠状病毒测序手法

liukang20245天前朝阳吃瓜417

对新冠病毒基因组的深度剖析，是下一步疫情防控和临床医治的要害。赶快进行大规模的新冠病毒全基因组测序，能够协助咱们了解病毒变异的特征，进一步解析这一新式病毒的流行病学特色和潜在危险，也能够协助咱们更好地了解致病机理、改善医治战略、研制疫苗等。但是，现有测序办法的样品前处理进程操作繁琐，关于现已超负荷运转的临床人员来说是巨大妨碍。因此，尽管我国的疫情现已放缓，针对新冠病毒的大规模基因组深度剖析却迟迟未现。

论文截图

近来，北京未来基因确诊高精尖立异中心（ICG）和北京大学生物医学前沿立异中心（BIOPIC）黄岩谊课题组、谢晓亮教授课题组和清华大学王建斌课题组、首都医科大学隶属北京地坛医院流行症研讨所陈晨团队、曾辉团队，在预印本网站bioRxiv宣布题为“MINERVA: A facile strategy for SARS-CoV-2 whole genome deep sequencing of clinical samples”的论文，介绍一种活络简略新式冠状病毒测序手法MINERVA（Metagenomic RNA Enrichment Viral sequencing），并展现了其从72个患者获取的85例临床样品上的测序成果。

MINERVA是一个简洁易行的测序建库办法，它树立在之前开展的SHERRY办法之上，兼容新冠患者常见的临床样本类型，并经过特异性的富集，来获取高掩盖度和高深度的新冠病毒基因组数据

MINERVA办法的根底，是北大和清华协作团队前不久开展的SHERRY快速建库技能，在疫情迸发初期宣布于PNAS（《美国国家科学院院刊》）。疫情伊始，该团队即联合地坛医院团队进行攻关。谢晓亮谈道：“尽管SHERRY 运用广泛，当下咱们榜首个临床运用是对nCoV感染者进行测序。nCoV病毒归于RNA 病毒，其序列已被我国科学家测出，然后有了刚刚取得药监局同意的几家nCoV检测试剂盒。这些试剂盒运用RT-qPCR的办法对病毒的某一方位定点丈量。而这29,000碱基的病毒骤变许多，且随时刻改变，因此亟需测序。SHERRY应该比现有的RNA测序建库办法更活络、更简略。这对nCoV的检测和剖析十分重要，因为咱们期望防止在高封密（P3和P4）实验室中的RNA富集操作。咱们的团队正在废寝忘食、分秒必争地攻关，期望供给更好的nCoV测序办法。”

该研讨的85个临床样本来自地坛医院的72位新冠患者，样品类型包含咽拭子、痰和粪便；患者的病况涵盖了轻症、普通型、重症和危重症四类

经过两个月的不懈努力，这一联合攻关团队立足于SHERRY办法快速、简洁、安稳的优势，经过改善使之能够兼容于新冠患者多种不同类型的样本，再结合新冠病毒全基因组靶向富集技能，完结了对临床样品的宏基因组和新冠病毒全基因组的一起获取。

MINERVA比较于传统办法，展现出显着的快速简洁优势，从样品提取的核酸动身，五小时后完结宏基因组测序文库；一起，因为其分子检测效率高，MINERVA仅需很少的测序数据量就能够在新冠病毒全基因组掩盖率和深度上全面超越传统办法。MINERVA不光可用于咽拭子、痰液、粪便三大类新冠患者的临床样品，还能够兼容在核酸检测惯例操作进程中运用carrier RNA的核酸提取样品，使得现已获取的样本能够再次用于测序。这一通用、快速、活络的办法，将大大加快针对新冠病毒的各项研讨。

该论文的一起榜首作者包含北京地坛医院流行症研讨所陈晨研讨员、清华大学生命科学学院博士研讨生李籍舟、北京大学生命科学学院博士研讨生狄琳、香港科技大学生物系博士研讨生敬秋雨、北京地坛医院杜鹏程副研讨员。这项作业的参与者还包含清华大学李琼，北京地坛医院宋川、李佳瑞博士，北京大学曹云龙博士，香港科技大学吴若昊教授。该作业得到了国家自然科学基金委、国家科技部、香港研讨赞助局、北京未来基因确诊高精尖立异中心、北京结构生物学高精尖立异中心、北京脑科学方案、清华大学抗疫检测技能科研突击队以及深圳湾实验室的支撑。由ICG和BIOPIC运转的北京大学高通量测序渠道为本项目供给了快速呼应支撑。

个人简介：

黄岩谊，北京大学化学与分子工程学院教授、生物医学前沿立异中心研讨员，北京未来基因确诊高精尖立异中心研讨员、副主任，北京大学-清华大学生命科学联合中心研讨员，北京大学工学院兼职教授。1993年进入北大学习，1997年获化学专业理学学士学位，2002年获无机化学专业理学博士学位。2002—2005年在美国加州理工学院运用物理系、2005-2006年在美国斯坦福大学生物工程系从事博士后研讨。2006年回到北京大学作业。黄岩谊课题组现在首要从事核酸测序技能、微流控技能和单细胞剖析技能研讨，经过交融剖析化学、生物工程、信息科学等多个学科的技能进步，来完结对杂乱生物系统的定量和高通量丈量。

谢晓亮，生物物理化学家，美国国家科学院院士、美国国家医学院院士、美国艺术与科学院院士、我国科学院外籍院士。1984年本科结业于北京大学化学系，1990年在美国加州大学圣地亚哥分校获博士学位，在芝加哥大学完结博士后研讨后到美国太平洋西北实验室作业。1998年被哈佛大学聘为化学和化学生物系终身教授，2009—2018年任哈佛Mallinckrodt讲席教授。2010年起在北大任生物动态光学成像中心（北京大学生物医学前沿立异中心前身）主任，2016年起任北京未来基因确诊高精尖立异中心主任。2018年7月起任北京大学李兆基讲席教授。2019年出任北京大学理学部主任。

王建斌，博士，2008年获北京大学化学专业学士学位，2014年获美国斯坦福大学生物工程博士学位；2014—2015年在斯坦福大学生物工程系从事博士后研讨作业；2015年回到清华大学树立独立实验室。现任清华大学生命学院研讨员，清华-北大生命科学联合中心研讨员，北京结构生物学高精尖立异中心协作研讨员，北京脑科学与类脑研讨中心协作研讨员。王建斌实验室以分子丈量技能开发为根底，处理根底科研和临床医治中的分子病理学和细胞遗传学问题。

陈晨，首都医科大学隶属北京地坛医院流行症研讨所研讨员，北京市科技新星、北京市卫生系统高层次人才，北京大学医学部、首都医科大学硕士生导师。我国医疗保健国际交流促进会分子确诊学分会常务委员，我国生物工程学会生物信息学分会委员，我国微生物学会微生物生物安全专业委员会青年委员。科技部政府间严重专项项目负责人。2002年本科结业于北京大学，获计算机和生物学双学位，2008年硕博连读结业于我国科学院北京基因组研讨所，获博士学位及中科院院长优秀奖。2009年作为高层次人才引入我国疾控中心流行症所，组成生物信息室并任副主任。2015年特聘参加首都医科大学隶属北京地坛医院研讨所。

曾辉，教授、研讨员，首都医科大学和北京大学医学部免疫学博士生导师、中山大学医学院客座教授。1988至1996年在首都医科大学学习，先后取得临床医学学士和硕士学位。1998年至2000年赴美国西雅图华盛顿大学医学院血液科做访问学者。2000年至2006年在德国杜伊斯堡-埃森大学留学，先后取得理学博士和医学博士。现任首都医科大学隶属北京地坛医院流行症研讨所所长、新发突发流行症北京市要点实验室副主任、国家中医药管理局三级实验室（感染免疫）主任，我国医生协会体外生命支撑专业委员榜首届委员会常务委员兼总干事。回国后先后取得国家人事部留学人员科技活动择优赞助要点类项目、新世纪百千万人才工程、北京市卫生系统高层次人才培养学科带头人(感染免疫方向)、北京市高层次立异创业人才支撑方案卫生领军人才等项目赞助。

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